取引先から商品代金が振り込まれる際、振込手数料を差し引いた金額になっていることがあると思われます(これが商慣習になっている業界もあるみたいです)。
振込手数料は、合意があれば別ですが、原則は振り込む側が負担すべきものとされております(民法484条、485条「持参債務の原則」)。なので、あらかじめ合意のない場合、振込手数料を受取側に負担させる行為は「間違い」であることがわかります。
この受取側が負担する振込手数料ですが、例えば1回880円である振込が月に100件ある場合、年間で100万円以上になります。これを、本来の振り込む側に負担を願いしたい・・・とお考えの人も多いと思いますが、新規のお客さんならまだしも、既存のお客様に対し、お願いをするのは難しいと考えられます。
しかし、年間で数十万~数百万円の節約につながるのであれば、「税理士から交渉するように言われて・・・」という切り出しで、話をしてみるのもいいかもしれません。ただ、相手が難色を示したら、お願いはやめたほうがいいでしょう。引っ込めるタイミングを誤り、取引そのものが無くなってしまったら元も子もないからです。
なお、この振込手数料について、インボイス制度においても議論はありましたが、処理方法にかかわらずインボイス不要ということで決着しています。そもそも、法令に反し、支払手数料を受取側負担とするような商取引がなければ、インボイスにおいてもこの議論はなかったことでしょう。